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【精品導(dǎo)讀】單細(xì)胞測序是一種可以為好思路賦能的手段

2023-06-30 14:48:14

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺

相信大家對單細(xì)胞都不陌生,就算沒做過,也肯定聽說過。很多做單細(xì)胞包發(fā)文的公司會告訴你“現(xiàn)在做單細(xì)胞就只能發(fā)個五六分了,不像以前好發(fā)”。這是普遍現(xiàn)象,但不是絕對現(xiàn)象。單細(xì)胞發(fā)文的新手福利期已過,SCI和標(biāo)書的評委們對這樣的技術(shù)手段司空見慣,因此逐漸對研究的深度及研究的價值提出了更高要求。如果要發(fā)文章,單細(xì)胞是一個不錯的捷徑;但如果要中“國自”,僅有單細(xì)胞,絕不足夠。

請看國家自然科學(xué)基金-醫(yī)學(xué)科學(xué)部對通訊評審的評閱要求——

醫(yī)學(xué)科學(xué)部將科學(xué)研究的“原創(chuàng)性”“真實(shí)可靠性”“科學(xué)意義和價值”作為項目評價的主要原則和標(biāo)準(zhǔn),遴選出“具有真正創(chuàng)新思想”的研究項目和優(yōu)秀人才,鼓勵研究人員潛心探究、攻克具有“挑戰(zhàn)性和變革意義的疑難科學(xué)問題”,培育并形成“十年磨一劍”的學(xué)術(shù)氛圍。

那么如何提升單細(xì)胞測序技術(shù)的發(fā)文水平,為國自課題的申報助力呢?

今天小編給大家提供一個研究案例,來自2022年10月22日,上海復(fù)旦大學(xué)陳曉軍/趙冰合作課題組在《Nature Communications》期刊上發(fā)表的關(guān)于人子宮內(nèi)膜樣癌的起源和病理過程的研究。
該研究團(tuán)隊通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析繪制了人類正常子宮內(nèi)膜向子宮內(nèi)膜癌轉(zhuǎn)變過程中不同細(xì)胞亞群細(xì)胞的動態(tài)圖譜。

論文鏈接:https://doi.org/10.1038/s41467-022-33982-7

子宮內(nèi)膜癌(EC)是繼宮頸癌后第二常見的婦科惡性腫瘤之一,是發(fā)生于子宮內(nèi)膜的一種上皮性惡性腫瘤,子宮內(nèi)膜樣癌(EEC)是EC的主要病理特征。在EEC腫瘤發(fā)生中,子宮內(nèi)膜缺乏孕酮的保護(hù),長期暴露于雌激素刺激下發(fā)生惡性增殖,正常子宮內(nèi)膜逐漸發(fā)展為非典型子宮內(nèi)膜增生(EEC癌前階段)。

關(guān)于EEC來源和正常子宮內(nèi)膜向EEC演化過程中細(xì)胞亞群動態(tài)變化尚不清楚。因此,該研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析確定EEC的來源及發(fā)生過程中細(xì)胞亞群的動態(tài)變化,為子宮內(nèi)膜癌的診斷和治療提供新的方向。

研究結(jié)果

一、EEC很可能來源于子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞而非基質(zhì)細(xì)胞

該研究共收集了99,215個細(xì)胞,每個細(xì)胞產(chǎn)生了2317個檢測基因的的中位數(shù),聚類分為7個細(xì)胞簇。
對比不同子宮內(nèi)膜病理階段(AEH、EEC)和正常人類子宮內(nèi)膜樣本細(xì)胞比例發(fā)現(xiàn):來自不同病理階段的子宮內(nèi)膜基質(zhì)纖維細(xì)胞與正常子宮內(nèi)膜表現(xiàn)出高度相似性,而上皮細(xì)胞存在顯著差異,表明EEC很可能來源于子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞而非基質(zhì)細(xì)胞。

二、無纖毛上皮細(xì)胞亞群的出現(xiàn)是子宮內(nèi)膜癌發(fā)生的關(guān)鍵步驟

通過研究RNA速度分析預(yù)測細(xì)胞的發(fā)展軌跡發(fā)現(xiàn)無纖毛的腺細(xì)胞到致癌亞群有強(qiáng)烈的方向性流動,表明致癌亞群的來源最可能是無纖毛的腺細(xì)胞,充分證明AEH為EEC的前驅(qū)病變。表明獨(dú)特的無纖毛上皮細(xì)胞亞群的出現(xiàn)是子宮內(nèi)膜癌發(fā)生的關(guān)鍵步驟。

三、LCN2+SAA1/2+上皮細(xì)胞亞群是EEC形成的早期標(biāo)志物

該研究通過對比子宮內(nèi)膜病變不同階段的免疫熒光染色證實(shí),EPCAM + /LCN2 +和SAA1/2細(xì)胞出現(xiàn)在AEH和EEC樣本中,但在正常子宮內(nèi)膜中未出現(xiàn),因此LCN2+/SAA1/2+上皮細(xì)胞亞群是EEC的早期標(biāo)志物。

四、免疫逃逸機(jī)制在EEC的發(fā)生過程中具有重要作用

比三個病理階段免疫細(xì)胞聚類發(fā)現(xiàn):EEC中細(xì)胞毒性CD8 T細(xì)胞和初始CD8 T淋巴細(xì)胞的比例顯著降低,而與免疫抑制相關(guān)的FOXP3+CD4 Treg 淋巴細(xì)胞比例增加,表明免疫逃逸機(jī)制在EEC的發(fā)生過程中發(fā)揮著重要作用。

全文提煉  
該研究通過對正常子宮內(nèi)膜、AEH和EEC進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序分析,揭示了EEC起源于無纖毛的腺上皮細(xì)胞和LCN2 + SAA1/2+細(xì)胞的出現(xiàn)是子宮內(nèi)膜腫瘤形成的一個重要標(biāo)志。描繪了內(nèi)膜癌發(fā)生過程中腫瘤微環(huán)境和細(xì)胞亞群的動態(tài)變化,根據(jù)CD8淋巴細(xì)胞群比例下降,CD4 Treg細(xì)胞群的比例增加,推測免疫逃逸與子宮內(nèi)膜癌的發(fā)生密切相關(guān),為內(nèi)膜癌細(xì)胞起源、早期診斷及臨床治療提供了新的線索方向。

單細(xì)胞測序指在單個細(xì)胞水平上進(jìn)行基因組、轉(zhuǎn)錄組或表觀組測序的技術(shù),近幾年單細(xì)胞測序技術(shù)取得飛速發(fā)展及矚目成果,越來越多的高水平文章橫空出世,在腫瘤、微生物、免疫學(xué)和神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域正在慢慢得到應(yīng)用。

普拉特澤生物已搭建全新單細(xì)胞多組學(xué)測序分析平臺,擁有過硬的實(shí)驗技術(shù)團(tuán)隊和豐富的項目經(jīng)驗可以為廣大科研工作者和臨床工作者提供更為優(yōu)質(zhì)的單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù),包括:單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+V(D)免疫組聯(lián)合分析,單細(xì)胞ATAC以及單細(xì)胞ATAC+mRNA聯(lián)合分析。此外我們還提供利用Feature Barcoding的單細(xì)胞表面蛋白檢測,及單細(xì)胞表面抗原特異性檢測等服務(wù)。

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好,本期的精品導(dǎo)讀就到這里

我們下期再見~

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