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上一篇師姐帶我們一起學(xué)習(xí)了增強(qiáng)子的理論知識(shí)，那現(xiàn)在我們就一起來(lái)學(xué)習(xí)一下如何用增強(qiáng)子數(shù)據(jù)來(lái)進(jìn)行增強(qiáng)子的預(yù)測(cè)以及序列下載吧。

一、數(shù)據(jù)庫(kù)EnhancerAtlas（http://www.enhanceratlas.org/index2.php）

首先先給大家介紹一下如何用EnhancerAtlas來(lái)進(jìn)行增強(qiáng)子的預(yù)測(cè)和序列下載。演示：首先在瀏覽器中輸入EnhancerAtlas，進(jìn)入該網(wǎng)站的首頁(yè)，首頁(yè)顯示了該數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)來(lái)源及增強(qiáng)子的數(shù)量：這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包含了來(lái)自170種細(xì)胞或組織共4,506,217個(gè)人類增強(qiáng)子信息和來(lái)自150種細(xì)胞或組織共2,811,699個(gè)小鼠增強(qiáng)子信息。

該數(shù)據(jù)庫(kù)有多種檢索方式，支持直接輸入基因名稱或者基因組特定區(qū)域，查看在該區(qū)域內(nèi)的增強(qiáng)子，同時(shí)還能比較增強(qiáng)子在不同細(xì)胞系中的表達(dá)。以鼠源基因klf4為例來(lái)演示如何在這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中預(yù)測(cè)增強(qiáng)子,在選框中選擇物種，選擇細(xì)胞或組織，輸入基因名稱，點(diǎn)擊search，跳轉(zhuǎn)到結(jié)果頁(yè)面。

該數(shù)據(jù)庫(kù)采用了基因組瀏覽器的展示形式，每一行稱之為track。最上方顯示了檢索的范圍為小鼠4號(hào)染色體的55342150-55750150bp，即目的基因上下游各20kb，可調(diào)節(jié)滑輪來(lái)控制檢索的位置。黑色字體對(duì)應(yīng)行表示每種方法檢測(cè)到的該區(qū)域reads覆蓋結(jié)果（如P300、DNA超敏位點(diǎn)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)、組蛋白修飾及染色質(zhì)修飾因子等），有些基因還會(huì)有紅色字體，為對(duì)應(yīng)行為綜合多種方法得到的增強(qiáng)子區(qū)域的結(jié)果。由圖可知，該數(shù)據(jù)庫(kù)在這個(gè)范圍內(nèi)共預(yù)測(cè)到6個(gè)與該基因相關(guān)的增強(qiáng)子，從左到右依次為1-6，2號(hào)、3號(hào)、6號(hào)增強(qiáng)子在幾種增強(qiáng)子特征物處都被檢測(cè)到，說(shuō)明這個(gè)位置是潛在的增強(qiáng)子所處的位置，可作為我們的重點(diǎn)關(guān)注對(duì)象。點(diǎn)擊show the details可查看每個(gè)增強(qiáng)子的細(xì)節(jié)（包括增強(qiáng)子ID、增強(qiáng)子在染色體上的位置等），點(diǎn)擊download也可下載預(yù)測(cè)到的每個(gè)增強(qiáng)子的序列，用于后續(xù)CHIP實(shí)驗(yàn)的引物設(shè)計(jì)。

同時(shí)該數(shù)據(jù)庫(kù)也可以比較增強(qiáng)子在不同細(xì)胞或組織中的表達(dá)，檢索框示意如下：選擇想要比較的細(xì)胞系或組織，結(jié)果顯示了該基因在不同細(xì)胞中的增強(qiáng)子情況，可以看到2號(hào)增強(qiáng)子在各細(xì)胞或組織中相對(duì)保守，在后續(xù)研究中可作為重點(diǎn)關(guān)注對(duì)象。同樣可以點(diǎn)擊進(jìn)去查看各細(xì)胞系中的增強(qiáng)子信息細(xì)節(jié)及下載增強(qiáng)子序列。

二、dbSuper數(shù)據(jù)庫(kù)（http://asntech.org/dbsuper/）

dbSUPER是超級(jí)增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)的開山之作，收錄了人和小鼠中的超級(jí)增強(qiáng)子信息（兩種方式：一是從PubMed中收集已發(fā)表的，有文獻(xiàn)支持的超級(jí)增強(qiáng)子；二是利用ENCODE, GEO等公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載H3K27ac chip_seq數(shù)據(jù)后采用MACS識(shí)別增強(qiáng)子區(qū)，ROSE識(shí)別超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)）。對(duì)于human而言共收錄了來(lái)自102種不同細(xì)胞/組織共69205個(gè)超級(jí)增強(qiáng)子;對(duì)于mouse而言共收錄了來(lái)自25種不同細(xì)胞/組織共13029個(gè)超級(jí)增強(qiáng)子信息。但是該數(shù)據(jù)庫(kù)只是提供了超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域的染色體位置等基本信息，缺乏對(duì)超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域內(nèi)的其他基功能元件的注釋。

進(jìn)入該數(shù)據(jù)庫(kù)首頁(yè)，點(diǎn)擊左邊的Detailed Search，然后選擇參考基因組（人或鼠），選擇細(xì)胞或組織類型，輸入基因名稱，選擇增強(qiáng)子識(shí)別因子類型點(diǎn)擊search，即可得到預(yù)測(cè)結(jié)果，預(yù)測(cè)結(jié)果顯示了根據(jù)不同的增強(qiáng)子結(jié)合蛋白鑒定出來(lái)的超級(jí)增強(qiáng)子和增強(qiáng)子，并顯示了該結(jié)果的細(xì)胞或組織來(lái)源。點(diǎn)擊超級(jí)增強(qiáng)子ID進(jìn)去后會(huì)呈現(xiàn)該增強(qiáng)子和關(guān)聯(lián)基因的相關(guān)信息（該超級(jí)增強(qiáng)子的位置等），右邊為關(guān)聯(lián)基因的相關(guān)信息，有些基因的信息會(huì)有錯(cuò)誤，建議直接點(diǎn)進(jìn)NCBI的鏈接進(jìn)去看基因的相關(guān)信息。然后將左側(cè)的超級(jí)增強(qiáng)子的序列位置輸入進(jìn)來(lái)，即為超級(jí)增強(qiáng)子的序列。下方還顯示了超級(jí)增強(qiáng)子的組分增強(qiáng)子的信息，同樣將這些位置輸入到NCBI中，可查看每個(gè)組分增強(qiáng)子的序列。

如果需要查看基因、增強(qiáng)子/超級(jí)增強(qiáng)子、轉(zhuǎn)錄因子等調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，可用下面兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

三、SEdb數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.licpathway.net/sedb/）

該包含了來(lái)自542個(gè)樣本的總共331601個(gè)超級(jí)增強(qiáng)子，采用了H3K27ac組蛋白修飾作為增強(qiáng)子區(qū)的標(biāo)記，和dbSuper一樣，該數(shù)據(jù)庫(kù)也利用從ENCODE、 RoadMap、 GEO等公共數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的H3K27ac chip-seq數(shù)據(jù)后采用MACS識(shí)別增強(qiáng)子區(qū)，ROSE識(shí)別超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)。該數(shù)據(jù)庫(kù)包含許多超級(jí)增強(qiáng)子注釋（SNP位點(diǎn)、Enhancers、TFBS等），且可通過6種不同策略對(duì)超級(jí)增強(qiáng)子的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)。

瀏覽器中輸入這個(gè)網(wǎng)址：http://www.licpathway.net/sedb。這個(gè)網(wǎng)站不太好找。然后可以根據(jù)基因名稱或基因位置來(lái)進(jìn)行檢索。以基因SOX4為例，選擇物種，輸入基因名稱，點(diǎn)擊search，得到預(yù)測(cè)結(jié)果，點(diǎn)擊SE ID可查看詳細(xì)信息，右邊還能看到基因、轉(zhuǎn)錄因子、超級(jí)增強(qiáng)子及信號(hào)通路的共同調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，往下翻可以看到與超級(jí)增強(qiáng)子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子及與超級(jí)增強(qiáng)子關(guān)聯(lián)的信號(hào)通路，下方還有SNP位點(diǎn)的分析（網(wǎng)絡(luò)不好的時(shí)候加載不出來(lái)）。

四、SEA數(shù)據(jù)庫(kù)（http://sea.edbc.org）

該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了11個(gè)物種164,545個(gè)超級(jí)增強(qiáng)子（人，小鼠，果蠅，線蟲，斑馬魚，雞，黑猩猩，恒河猴，綿羊，非洲爪蟾和棘背魚）以及3,361,785個(gè)典型增強(qiáng)子。同時(shí)提供超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域的染色質(zhì)相互作用、SNPs、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)信息。

瀏覽器中輸入網(wǎng)站，進(jìn)入官網(wǎng)后點(diǎn)擊上方的Search Engine,根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)需求選擇物種，識(shí)別因子，選擇檢索增強(qiáng)子或超級(jí)增強(qiáng)子，選擇在編碼區(qū)或非編碼區(qū)檢索，選擇染色體，輸入基因名稱，選擇細(xì)胞或組織類型。這里以人源TP53基因?yàn)槔x擇human,識(shí)別因子，檢索增強(qiáng)子或超級(jí)增強(qiáng)子，在編碼區(qū)或非編碼區(qū)檢索這三項(xiàng)都選擇All，選擇17號(hào)染色體，輸入基因名稱，點(diǎn)擊search。結(jié)果顯示了增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子的信息，包括在染色體上的位置，長(zhǎng)度，關(guān)聯(lián)基因，細(xì)胞組織來(lái)源，增強(qiáng)子識(shí)別因子等。點(diǎn)擊Visual就可以跳轉(zhuǎn)到UCSC上看到可視化的信息了（目前無(wú)法查看）。點(diǎn)擊關(guān)聯(lián)我們的目的基因的增強(qiáng)子ID即可查看詳細(xì)信息。左側(cè)展示了該超級(jí)增強(qiáng)子的基本信息以及轉(zhuǎn)錄因子的情況，右側(cè)展示了增強(qiáng)子、基因，轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

大家可以分別用這些數(shù)據(jù)庫(kù)去預(yù)測(cè)，綜合分析后篩選出符合自己實(shí)驗(yàn)需求的增強(qiáng)子或超級(jí)增強(qiáng)子。那關(guān)于增強(qiáng)子部分的內(nèi)容就介紹到這里了，紙上得來(lái)終覺淺，絕知此事要躬行，希望大家打開電腦跟著一起操作。同時(shí)別忘了給我們一鍵三連喲！祝大家科研順利！還有實(shí)驗(yàn)相關(guān)的疑問可以加入我們實(shí)驗(yàn)交流群哦！