SNP檢測方法總結(jié)，有你用過的嗎？
2022-08-02 17:56:41
來源/作者：普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
大家好！SNP檢測方法匯總由普拉特澤生物為大家總結(jié)分享，上篇我們分享了SNP檢測最常用的三種檢測方法分別是Taqman探針法、直接測序法和ARMS-PCR法這三種方法，可以回去學(xué)習(xí)哦！普拉特澤生物表達(dá)檢測平臺專業(yè)承接SNP檢測實(shí)驗(yàn)服務(wù)，各種方法隨您選擇！
SNP標(biāo)記具有很大的發(fā)展?jié)摿?，被廣泛應(yīng)用于生物、農(nóng)學(xué)、醫(yī)學(xué)、生物進(jìn)化等眾多領(lǐng)域，在分子遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用，現(xiàn)在我們就來看看除了最常用的三種檢測方法，其他的檢測SNP的方法：
1、分子信標(biāo)法
分子信標(biāo)是一段雙標(biāo)記的寡核苷酸探針，其5’末端和3’末端分別標(biāo)記熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)，且探針5’端和3’端的部分堿基可互補(bǔ)配對，從而形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)，使得熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)相互靠近而熒光信號較低。分子信標(biāo)的環(huán)狀結(jié)構(gòu)部分包含SNP檢測位點(diǎn)，當(dāng)模板與分子信標(biāo)環(huán)狀結(jié)構(gòu)的核酸序列完全匹配時(shí)，分子信標(biāo)可與模板雜交形成伸展?fàn)顟B(tài)，從而導(dǎo)致熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)的空間距離拉大，熒光信號增強(qiáng)，因此可被儀器檢測，并確定SNP位點(diǎn)。
2、高分辨率熔解曲法
高分辨熔解曲線分析技術(shù)(high-resolution melting analysis, HRM)是通過特定染料與擴(kuò)增后產(chǎn)物結(jié)合后形成特定的熔解峰進(jìn)行分析檢測的方法，其使用的特料為飽和熒光染料，具有更強(qiáng)的DNA結(jié)合能力，且不影響PCR擴(kuò)增，在DNA解鏈過程中也不會發(fā)生重排，使得熔解曲線具有更高的分辨率。
3、CAPS法
酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence, CAPS)，又稱限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈反應(yīng)(PCR-RFLP)，是PCR技術(shù)與RFLP技術(shù)相結(jié)合的檢測方法。該方法基于DNA片段在酶切位點(diǎn)上的堿基變異，采用相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶，對該DNA片段的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，從而產(chǎn)生不同的電泳圖譜，由此確定SNP位點(diǎn)的堿基類型。但是CAPS僅能檢測位于酶切位點(diǎn)處的SNP，對于酶切位點(diǎn)以外的SNP則無法檢測。
4、SNaPshot法
SNaPshot是美國應(yīng)用生物公司(ABI)開發(fā)的一種商業(yè)技術(shù)，是基于熒光標(biāo)記的單堿基延伸原理，而建立起來的分型技術(shù)，該方法也被稱為小測序。其引物設(shè)計(jì)的關(guān)鍵是延伸引物的3’末端應(yīng)緊挨著SNP位點(diǎn)，同時(shí)對不同SNP位點(diǎn)可設(shè)計(jì)不同長度的延伸引物，這樣便可通過引物長度區(qū)分SNP位點(diǎn)。
5、質(zhì)譜法
質(zhì)譜法是基于基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜技術(shù)(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)的檢測方法，其檢測過程中，需通過激光激發(fā)DNA分子片段, 再利用飛行時(shí)間判斷DNA片段的分子量大小，從而確定SNP位點(diǎn)。其檢測原理同樣使用了單堿基延伸技術(shù)，在多重PCR擴(kuò)增時(shí)，其擴(kuò)增產(chǎn)物將在SNP位點(diǎn)上終止延伸，形成不同分子量的檢測產(chǎn)物，再利用質(zhì)譜分析獲得圖譜，而不同分子量的延伸產(chǎn)物，在其對應(yīng)的分子量位置上可查看檢測峰圖，由此確定SNP位點(diǎn)。
6、KASP法
KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)是基于引物末端堿基的特異性匹配對SNP進(jìn)行檢測的方法，該方法在引物和探針設(shè)計(jì)上與常規(guī)熒光PCR不同，首先需針對SNP的等位基因設(shè)計(jì)兩條對應(yīng)的上游引物，引物3’末端分別位于各自的SNP位點(diǎn)上，同時(shí)引物5’端各自帶有一段獨(dú)特的標(biāo)簽序列，而下游引物則是一條常規(guī)設(shè)計(jì)共用的引物；其次，設(shè)計(jì)兩條與上游引物標(biāo)簽序列一致的熒光探針，探針的5’端分別標(biāo)記不同的熒光基團(tuán)，同時(shí)對應(yīng)于熒光探針設(shè)計(jì)各自互補(bǔ)配對的淬滅探針，并在淬滅探針的3’端標(biāo)記淬滅基團(tuán)。由此，在擴(kuò)增未開始時(shí)，熒光探針與淬滅探針結(jié)合，熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)相互靠近，而無法產(chǎn)生熒光信號。當(dāng)設(shè)計(jì)的上游引物中有一條或兩條與模板完全匹配時(shí)，則可啟動擴(kuò)增，其擴(kuò)增產(chǎn)物再結(jié)合下游引物進(jìn)行擴(kuò)增，則形成含有標(biāo)簽序列的DNA片段；該帶有標(biāo)簽序列的DNA片段可與熒光探針結(jié)合，而熒光探針3’端可作為引物啟動擴(kuò)增，最后形成帶有熒光標(biāo)記的擴(kuò)增產(chǎn)物，而且熒光探針對應(yīng)的淬滅探針則在擴(kuò)增過程中被切割掉，從而使得擴(kuò)增過程的熒光信號增強(qiáng)，可對SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測。
7、基因芯片法
基因芯片(gene chip)是指將大量針對SNP的寡核苷酸探針高密度地固定在一固相支持物表面，從而形成多重寡核苷酸微陣列，而經(jīng)熒光染料標(biāo)記后的待測DNA片段，與芯片上固定好的探針陣列進(jìn)行雜交反應(yīng)，核酸片段只與其序列完全互補(bǔ)配對的探針雜交，不與含有單個(gè)錯(cuò)配堿基的序列雜交，從而將目標(biāo)序列固定下來，再通過清洗去除非目標(biāo)片段，最后通過掃描檢測芯片上的熒光信號，由此確定SNP位點(diǎn)。
好啦，那所有的SNP單核苷酸多態(tài)性我們就介紹到這里啦！如果您還有其他方法或者需要SNP實(shí)驗(yàn)外包，歡迎留言哦~
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